首先，目前超級電容和鋰電池等化學電池相比，單位能量密度的價格相當高、重量體積也沒有很大的優勢。目前最好的超級電容的能量密度是鋰離子電池30%左右(Wh/L)，這還只是實驗室里面的水平，量產產品還比較低，故無法量產和價格方面的的原因，是阻礙超級電容在消費電子上廣泛應用的硬傷。

其次是超級電容的安全問題，因為超級電容還沒有在消費電子領域廣泛應用，缺乏相應的行業標準，因此相比18650等常見的鋰離子電池安全問題比較突出。為了提高效率，現在單個超級電容的ESR一般在mΩ級別，這就意味著一但短路后果非常嚴重（大電流）。而且目前量產的超級電容大多采用了酸性的液態電解液，若因短路或高溫發生爆漿后果很嚴重，可能會造成化學灼傷，而凝膠或固態介質的鋰電池就沒這個問題。

此外就是電路設計的問題了。目前量產的超級電容單體最高電壓只能到達2.7v左右，而且超級電容的儲能特性曲線是由0v開始的，這就意味意一旦單體電壓降到1v以下剩余的能量就很難再利用了。若多個電容串聯，體質不一還需要額外設計儲能和負載均衡電路。

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